Легендарный Стрелок , а точнее Меченный!

Стрелок вновь собирается на Север. Он направляется в Рыжий лес, так как лишь через него можно было пройти на ЧАЭС, минуя Выжигатель мозгов. Пробираясь через Янтарь, Стрелок выпрашивает у Сахарова прототип защиты от пси-излучения под предлогом его тестирования и пробирается через пси-установку на Янтаре в Рыжий лес. Спасаясь от преследования наёмника Шрама, выполняющего задание группировки «Чистое небо», Стрелок подрывает единственный тоннель, ведущий в подземелья Припяти (если не считать путепровод «Припять-1»). После доходит до ЧАЭС, где его настигает отряд «Чистого неба» во главе с Лебедевым. Шрам выводит из строя прототип пси-защиты Стрелка. Зона категорично реагирует на действия людей — пульсирующим образом накатывает сверхмощный выброс. «О-Сознание» зомбировало всех выживших членов «Чистого неба» и узнало виновника, проникшего в центр Зоны, но не знает, в какую ситуацию попал Стрелок, и, сама того не ведая, программа S.T.A.L.K.E.R. зомбирует агентов для уничтожения Стрелка, среди которых был он сам. В итоге Стрелок получает задание уничтожить самого себя и с остальными агентами вывозится на периферию Зоны.

Меченый
Грузовик смерти, перевозящий трупы людей, получивших цель от «О-Сознания», — «Убить Стрелка» — попадает в аварию на южном кордоне. Местный сталкер, обыскивая грузовик на наличие ценных вещей, среди горы трупов находит уцелевшего человека, которого приносит к Сидоровичу. За татуировку на руке Стрелок получает прозвище Меченый. Он не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. В его КПК есть только одна запись — «Убить Стрелка».

Сидорович в качестве платы за спасение даёт Меченому задание найти сталкера по кличке Шустрый, который нёс ему важную информацию. Вместе с людьми Волка Меченый спасает Шустрого из плена бандитов и получает у Сидоровича второе задание — добыть документы, которые находятся на военной базе в Агропроме. В этих документах содержится важная информация о центре Зоны, за них торговец помогает Меченому в деле со Стрелком, ибо тот каким-то образом связан с прошлым Меченого. Он даёт наводку на сталкера по прозвищу Лис, Меченый спасает Лиса, пришедшего из глубокого рейда. Тот сообщает, что его брат, Серый, знает о Стрелке. Меченый находит Серого на Свалке. Тот, в свою очередь, даёт наводку на Крота — сталкера, нашедшего тайник Стрелка. Меченый спасает Крота на Агропроме от военных и получает примерные координаты тайника. В подземельях Агропрома Меченый находит тайник группы Стрелка. Из найденных там материалов становится ясно, что один из группы Стрелка убит, другой исчез, а сам Стрелок в это время отправился к ЧАЭС.

С украденными у военных документами Меченый отправляется к Бармену на базу Долга на заводе «Росток». Бармен находит материалы весьма интересными и отправляет сталкера за продолжением — в покинутые секретные лаборатории X18 и X16. На пути в первую Меченый расправляется с Боровом — бандитским паханом — и помогает «долговцу» Пуле спасти напарников. По пути во вторую спасает от наёмников учёного — профессора Круглова.

Сахаров — лидер учёных, говорит, что в X16 вместе с одним из учёных отправился Призрак. Но не вернулся. Меченый находит трупы и учёного — Васильева, и самого Призрака. Из документов, найденных в лабораториях, следует, что «Выжигатель мозгов», преграждающий путь к центру Зоны, рукотворен. Его, оказывается, вполне можно отключить так же, как Меченый проделал это в X16. Но запись из ПДА Призрака выводит Меченого на след Проводника — человека, определённо знакомого со Стрелком. Тот сообщает о некоем Докторе, который ждёт Стрелка в тайнике его группы. Меченый бежит туда… Чтобы выяснить, что Стрелок — это он сам.

Доктор рассказывает Меченому — теперь уже Стрелку — что он сам, Стрелок, узнал во время своих рейдов к ЧАЭС: легендарный Монолит, «Исполнитель желаний» — лишь фикция, иллюзия, а настоящая тайна Зоны спрятана где-то рядом с ним. На Радаре Стрелок отключает «Выжигатель мозгов» и вместе с другими сталкерами двигает по открывшейся дороге в город-призрак — Припять. В гостинице, по наводке Доктора, он находит декодер, который должен открыть самую таинственную дверь Зоны, и свои собственные рукописные заметки.

Добравшись до ЧАЭС, отбиваясь от «монолитовцев» и военных, он находит эту дверь и открывает её. Представитель «О-Сознания» рассказывает Стрелку, что Зона — результат вышедшего из-под контроля эксперимента группы «О-Сознание», которая пыталась слиться с ноосферой — глобальной памятью человечества. Отказавшись от заманчивого предложения присоединиться к «О-Сознанию», Стрелок находит убежище учёных и уничтожает их.